სტრუქტურა
დირექტორის მ/შ
დირექტორის მოადგილე
ადმინისტრაციული განყოფილება
დაგეგმარებისა და ნებართვების განყოფილება
მონიტორინგისა და ზედამხედველობის განყოფილება
არქეოლოგიურ-არქიტექტურული კომპლექსების, არქეოლოგიისა და საგანმანათლებლო განყოფილება
სააგენტოს სამეცნიერო კვლევითი ცენტრი
სამეურნეო და ტექნიკური უზრუნველყოფის განყოფილება